引起兒童矮小癥的原因有生長激素缺乏癥、家族性矮小、特發性矮小、全身性疾病、染色體異常等。

1.生長激素缺乏癥：生長激素是促進兒童生長的重要激素，如果生長激素分泌不足，會導致兒童生長遲緩，身高低于同齡人。生長激素缺乏癥可能是由于下丘腦或垂體的病變引起的，也可能是由于基因突變導致的。

2.家族性矮小：家族性矮小是指兒童的身高低于正常范圍，但生長速度正常，骨齡與實際年齡相符。這種情況通常是由于家族遺傳因素引起的，父母或近親中有身材矮小的人，孩子也可能會出現類似情況。

3.特發性矮小：特發性矮小是指原因不明的矮小癥，患兒的生長激素分泌正常，沒有其他明顯的疾病。目前認為，特發性矮小可能與遺傳、環境等多種因素有關。

4.全身性疾病：某些全身性疾病也可能會影響兒童的生長發育，導致矮小癥。例如，慢性疾病如慢性肝病、慢性腎病、先天性心臟病等，會影響兒童的營養吸收和代謝，從而影響生長發育。內分泌疾病如甲狀腺功能減退癥、庫欣綜合征等，也會影響兒童的生長激素分泌和代謝，導致矮小癥。

5.染色體異常：染色體異常是一種罕見的導致矮小癥的原因，如特納綜合征、唐氏綜合征等。這些疾病會影響兒童的生長發育和身體器官的功能，導致矮小癥和其他多種異常。

如果發現孩子身高明顯低于同齡人，應及時帶孩子到醫院進行檢查，明確病因，并根據醫生的建議進行治療。治療方法包括生長激素治療、營養支持、治療原發疾病等。同時，家長應注意孩子的飲食營養，保證孩子充足的睡眠和適當的運動，有助于孩子的生長發育。