典型生殖器皰疹與不典型生殖器皰疹在癥狀、病程、診斷和治療等方面存在一些區別：

1.癥狀：典型生殖器皰疹通常表現為生殖器部位的簇集性水皰，伴有疼痛、瘙癢等；不典型生殖器皰疹的癥狀可能較輕，水皰不典型，甚至僅表現為紅斑、丘疹或輕微糜爛。

2.病程進展：典型生殖器皰疹的發作具有周期性，容易復發；不典型生殖器皰疹的發作周期可能不規律，復發頻率也有所不同。

3.診斷難度：典型生殖器皰疹通過臨床表現和病史較容易診斷；不典型生殖器皰疹往往需要結合實驗室檢查，如病毒培養、核酸檢測等才能確診。

4.治療反應：對于典型生殖器皰疹，常規的抗病毒治療效果較為明顯；不典型生殖器皰疹的治療效果可能因個體差異而有所不同，有時需要調整治療方案。

5.傳染性：兩者都具有傳染性，但典型生殖器皰疹的傳染性在水皰出現時較強；不典型生殖器皰疹的傳染性相對較難判斷。

無論是典型還是不典型生殖器皰疹，患者都應注意個人衛生，保持生殖器部位的清潔干燥，避免搔抓，以免引起感染。同時，應按照醫生的建議進行治療，定期復查，以減少復發和傳播的風險。