第一，對生育造成影響。碘131雖然對甲亢治療效果明顯，可以根治疾病，但是患者長期使用對生殖器官會造成一定的影響，會破壞輸卵管的功能，容易發生不孕不育。第二，對骨髓有抑制作用。每一位患者病情不同采取的劑量是不一樣的，如果使用輕微的劑量不會發生任何的副作用，但是超量服用會抑制骨髓，容易發生白血病。第三，容易發生甲狀腺永久性功能低下。對于病程時間長的甲亢，需要長時間使用碘131，治療時間越長，發生甲狀腺功能低下的幾率越高。
      

      甲亢應用核素碘-131治療，屬于精準性治療、靶向性治療，治愈率高，復發率低，在治療甲亢方面是很好的選擇。β射線射程短，對甲狀腺以外的組織很少發生傷害，所以屬于精準性靶向性治療。核素碘-131治療甲亢最大的副作用，就是產生甲狀腺功能減退癥，在臨床上是認可的，可以用左甲狀腺激素替代治療，使其甲減的臨床癥狀得以完全的緩解。甲亢用核素碘-131治療，除了引起甲狀腺功能減退癥時，有些患者還可以出現一過性的頸部疼痛、一過性甲亢。一般隨著甲亢治療的好轉，會逐漸好轉，所以用核素碘-131治療是很好的選擇。