如果尿當中出現腎小管上皮細胞，常常提示是腎小管的病變。在某些慢性炎癥的時候，可以看到腎小管上皮細胞發生脂肪變性，胞質內充滿脂肪顆粒。觀察尿中腎小管上皮細胞，對于腎移植術后有沒有排斥反應，是有一定的意義。另一種上皮細胞，是移行上皮細胞，在尿當中可以有或者偶然可以見。如果有輸尿管或者膀胱、尿道的炎癥，移行上皮細胞是可以出現的。如果大量出現，要警惕有沒有移行上皮細胞癌。復層扁平上皮細胞，也叫做鱗狀上皮細胞，來自尿道的前段。女性尿道有時，會有來自陰道的復層扁平上皮細胞，尿中大量出現復層扁平上皮細胞，且伴有白細胞、膿細胞，多提示是尿道炎。尿液中上皮細胞，來自尿道整個泌尿系統，包括移行上皮細胞和復層扁平上皮細胞。不同上皮細胞，提示的意義是不一樣的。