目前認為鼻咽癌的發生與遺傳、病毒及環境因素等有關，鼻咽癌高發地區、家族中近親患有鼻咽癌、感染EB病毒、過量接觸微量元素鎳的人患鼻咽癌的概率高于一般人群。流行病學調查發現廣東、廣西、福建、湖南等省為國內鼻咽癌高發區，鼻咽癌患者具有種族及家族聚集現象，如僑居國外的中國南方人后代保持著較高的鼻咽癌發病率，決定人類白細胞抗原（HLA）的某些遺傳因素和鼻咽癌的發生發展密切相關。相關研究發現鼻咽癌患者體內不僅存在高滴度抗EB病毒抗體，且抗體水平隨病情變化而波動，證實鼻咽癌與EB病毒相關，但并不是唯一致病因素。我國鼻咽癌高發區居民多有進食咸魚、臘味等腌制食品習慣，這些食物中亞硝酸鹽含量較高，鼻咽癌高發區的大米和水中微量元素鎳含量較低發區高，鼻咽癌患者頭發中鎳含量亦高，動物實驗證實鎳可以促進亞硝胺誘發鼻咽癌。另外，維生素缺乏和性激素失調也可以改變黏膜對致癌物的敏感性。