肛瘺的治療通常需要進行手術治療，除了單純性的肛瘺可以一次性切除，包含內口，外口以及瘺管的內的全部病變之外復雜性的肛瘺，通常需要多次手術方能治愈復雜性的肛瘺的基本手術方式是掛線手術
      

      肛瘺手術的常見方法：肛瘺切除術，是將整個病灶完全切除掉，而不是單純的切開，肛瘺切除術可以避免遺留特殊病理；肛瘺切開術，是指把瘺管剖開做一個引流創面，讓瘺管從基底生長；掛線治療，是指通過水逐線流的原理，使膿液、分泌物、或者是感染性的內容物沿著線流出來，從而避免感染，掛線治療是治療肛瘺的最基礎治療手段，對于不適合切開手術的患者是一個很好的方法；LIFT手術，也就是括約肌間瘺道結扎術，是指在瘺管內外括約肌間把瘺管結扎，使其內口堵住，LIFT手術的優點是對肛門外腺的功能影響非常小，但是另一方面這個手術的復發率很高，大概在40%到90%。