肛周囊腫沒有明顯的臨床癥狀,也有部分的患者隨著囊腫感染、囊內腫物增多,表現在肛門的墜脹,甚至伴有急性感染期,也會有類似有肛門膿腫的臨床癥狀,表現在肛門的灼熱、疼痛、下墜,甚至影響排便困難等臨床癥狀。這時就應該與肛周膿腫進行嚴格的區分,通過醫生的指診,直腸囊腫和肛周膿腫有明顯的不同的指下感覺,直腸指診時可能囊腫壓痛沒有那么明顯,肛周囊腫觸診時出現劇烈的疼痛。最終鑒別診斷還需要影像學的鑒別,通過CT或者彩超,如果發現肛周腫物有明顯的包膜,診斷就是肛周囊腫、骶前囊腫。
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