唇腭裂的病因包括遺傳因素和環境因素。
      唇腭裂是常見的口腔頜面部先天性畸形。其發生主要是由于胚胎早期胎兒口腔的唇部和腭部的中胚葉組織發育受阻所致。唇腭裂發生的病因包括遺傳因素和環境因素。
      1.遺傳因素：唇腭裂的遺傳方式是通過“畸形基因”作用而進行的，屬于多基因遺傳病，但尚無特定基因被確定及分離。利用染色體遺傳定位技術已經發現并鑒定出染色體上有5個區域出現異常，就會發生較高頻率的唇腭裂。染色體臂（包括X染色體）上區域的缺失或重疊均能導致唇腭裂的發生，說明有多種基因共同參與了這個過程。
      2.環境因素：內分泌影響（類固醇激素、性激素、甲狀腺激素等）、藥物因素（氮芥類、反應停、烷基化物等）、生物因素（如風疹病毒、巨細胞病毒感染等）、營養缺乏因素、損傷和精神刺激及物理性因素和煙酒等可能是造成唇腭裂的因素。