1、常見原因（1）各種外傷、蚊蟲咬傷、丘疹或表皮外傷。（2）性交過度。（3）生殖器皮膚感染。（4）前列腺炎常引起陰莖疼痛，可能因為陰莖受到感染或受刺激導致。（5）尿道炎和淋病主要通過性行為傳染產生疼痛癥狀。（6）未割除包皮的男性，容易發生包皮感染，即龜頭炎，使陰莖腫大、疼痛。2、其他原因（1）人工彌補術人工彌補術是用來治療陽痿的一種方法，通過在陰莖組織中植入管子，幫助陰莖順利地勃起，這種彌補術雖然可能讓男性重新恢復性功能，但是植入的管子卻可能會因為受到感染而引起陰莖疼痛。（2）賴透性綜合征賴透性綜合征是一種因免疫系統失調而導致的病癥，患者除了陰莖疼痛之外，還會出現陰莖分泌物，并同時伴有發燒、眼紅、關節痛等癥狀，這些通常會在幾個星期后自行消失，不需要治療。（3）血液沉淀性疾病沉淀的血液會凝結成塊，當陰莖勃起時，血凝塊會組織血液從陰莖流出，從而造成陰莖的持續勃起，引起陰莖的強烈疼痛，患有白血病、鐮刀狀細胞性貧血癥的患者很容易發生這種狀況。（4）北洛尼氏病此病患者的陰莖里由于有結疤組織形成，因此在陰莖勃起時會造成陰莖彎曲并疼痛，給性交造成很大的障礙，嚴重者甚至根本無法進行性交，只能通過手術來改善這種狀況。