胃腸鏡檢查是胃腸道檢查最普遍、最直接、最準確的檢查方法，目前胃腸鏡檢查的應用非常的廣泛，主要是檢查胃腸道黏膜是否發生病變，病變的性質是良性還是惡性，可以在發現病變以后進行活檢，進一步證實病變的性質，也可以在胃鏡或者腸鏡底下做進一步的治療。
      除了能看黏膜病變，胃腸鏡還可以看黏膜下是否有腫物生長。如果有腫物生長，就可以看到黏膜會隆起，會被腫物頂起來，可以通過胃腸鏡帶著超聲去看黏膜下腫物的性質、侵犯的范圍、是良性還是惡性。除了這上面的這些可以看黏膜的病變、黏膜下的病變，還可以用來評估胃腸的功能，通過胃腸鏡可以看到有沒有膽汁反流、有沒有排空的障礙、有沒有看到結腸的冗長、有沒有看到潴留等，可以用來評估胃腸的一些功能。腸鏡還可以看到一些解剖學異常，比如在賁門區域，可以看到有沒有食管裂孔疝，食管、胃、腸子有沒有憩室等。所以胃腸鏡檢查的功能很強大，隨著胃腸鏡技術的提高，能做的醫生越來越多、儀器越來越好、清晰度越來越高，而且舒適度越來越高，因為現在無痛胃鏡和無痛腸鏡的開展也非常普遍，胃腸鏡可以用來篩查腫瘤，也可以作為體檢項目來使用。